杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁衍越慢；温度越高，繁衍越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷才能。巴氏消毒其实就是应用病原体不是很耐热的特性，用恰当的温度和保温时间处置，将其全部杀灭。

    但经巴氏消毒后，仍保存了小局部无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，巴氏杀菌法的产生来源于巴斯德处理啤酒酿出后变酸的努力。当时，法国酿酒业面临着一个令人头疼的问题，那就是啤酒在酿出后会变酸，基本无法饮用。而且这种变酸现象还经常发作。巴斯德受人约请去研讨这个问题。

    经过长时间的察看，他发现使啤酒变酸的罪魁祸首是乳酸杆菌。营养丰厚的啤酒几乎就是乳酸杆菌生长的天堂。采取简单的煮沸的办法是能够杀死乳酸杆菌的，但是，这样一来啤酒也就被煮坏了。巴斯德尝试运用不同的温度来杀死乳酸杆菌，而又不会毁坏啤酒自身。

    最后，巴斯德的研讨结果是：以50~60摄氏度的温度加热啤酒半小时，就能够杀死啤酒里的乳酸杆菌和芽孢，而不用煮沸。这一办法挽救了法国的酿酒业。这种灭菌法也就被称为"巴氏灭菌法".